Алишер Ажимов дебютировал за молодежную сборную Казахстана в официальных матчах.
В отборочном матче молодежного чемпионата Европы-2023 против сборной Бельгии, в составе молодежной сборной Казахстана дебютировал 20-летний воспитанник актюбинского футбола, полузащитник «Актобе» Алишер Ажимов. В 2018 году он дебютировал за молодежную команду «Актобе», а на следующий год дебютировал в Премьер-Лиге. Всего в высшем дивизионе сыграл 36 матчей, забил 2 мяча.
Самыми опытными игроками молодежной сборной Казахстана являются Еркебулан Сейдахмет (11 матчей) и Султан Сагнаев (10 матчей).